Keď je atóm obkolesený aspoň dvoma susedmi rovnakej farby, môžete všetky častice, s ktorými má priamu väzbu, odstrániť z plochy. A to je dobre! Každú molekulu totiž musíte zbaviť všetkých atómov. Ako jednoducho tento základný princíp funguje, si odskúšate v prvých leveloch. Potom príde pravá zábava. Pribudne totiž možnosť vymieňať pozície atómov, zafarbovať ich, prestrihávať medzi nimi väzby..
Musíte sa v každom leveli dotknúť červených guličiek alebo štvoruholníkov, aby ste ich odstránili z plochy. K dispozícii je ale obmedzený počet striel a triafať nemôžete priamo - skôr takou "pinball" taktikou s odrazom od ďalších objektov a stien.